Не совсем мессенджер, но для голоса давно использую Mumble, полностью пересел на него когда добавили поддержку кодека CELT (который превратился далее в Opus). Стандарное шифрование AES, настраиваемый буфер и битрейт. Проблем никогда не было с качеством, на ADSL помню был лучшим из аналогов.
Токс не анонимен, как и все p2p системы. Использовал qTox для наибыстрейшей передачи файлов и папок, но сейчас почему-то в последнее время UDP hole punching не работает и соединение идёт через немецкие релеи.
RCE уязвимость была вроде в клиенте µTox, в qTox нет.
Раньше была возможность зарегистрировать имя на toxme.se и получать доступ к приватному ключу по паролю, но там случилась кидалово со стороны владельца хостинга. Затем был toxme.io, который тоже был разделегирован.
Matrix сервера так же не стабильны, периодически разделегируются. Клиент Element тяжеловесный, отальные с обрезанной функциональностью.
В своё время Jabber был почти единственной альтернативой AOL/OSCAR с клиентами под Java телефон.
Думаю в выборе необходимо исходить из потребностей и топологии мессенджера:
централизованный, федеративный (e-mail в том числе), p2p/мэш-сеть или оверлейный (torchat). Пользуюсь разными в зависимости от решаемых задач.