Проблемы с сокрытием DNS Nekoray

может это и помогает, но выглядит как костыль и баг получается и им надо поставить bug request.
И отключаение route only - это плохая затея т.к. IP при вашем запросе на выходе заменяется на Domain. Это вносит путаницу для сервисов которые раскиданы по миру и имеют свои сети CDN.