У докера нет никакого измеримого оверхеда в плане сети, CPU или памяти.
Вот выжимка из исследования IBM 10-летней давности:
Docker is nearly identical to native performance and faster than KVM in every category.
По сути докер это просто удобный способ для запуска процессов в другой cgoup.
Там есть некоторые особенности при работе с файловой системой контейнера (слои). Но в нашем случае нет никакой значимой нагрузки на диск, так что нерелевантно.
Докер вырос в гугле. У них все процессы, очереди и кроны завернуты в отдельные контейнеры (BORG/Kubernetis). При их нагрузках любой оверхед стоит миллионы или миллиарды долларов.