Делайте согласно документации byedpi - ByeDPI Manager просто помогает работать с ciadpi.exe
-H, --hosts <file|:string>
Ограничить область действия параметров списком доменов
Домены должны быть разделены новой строкой или пробелом
Я бы прописал -H и полный путь до файла, если же интересует логика работы ByeDPI Manager - спросите на странице приложения