Столкнулся с такой же проблемой и написал программу в виде dll, которая направляет именно дискорд на прокси, а для голосовых немного редактирует трафик тоже именно дискорда.
Тема тут на форуме: Настройка прокси только для Discord через DLL (плюс голосовые звонки без прокси)